"周辺の海域では鯨やイルカが生息しており、それらを見るために島を訪れる人も多々ある。
また、形成以来ずっと大陸から隔絶していたため、島の生物は独自の進歩を遂げており、「東洋のガラパゴス」とも呼ばれるほど、貴重な動植物が多い。
しかし、人間が持ち込んだ生物や島の製作などがきっかけでオガサワラオオコウモリやオガサワラノスリ、アカガシラカラスバト、ハハジマメグロなどの動物やムニンツツジ、ムニンノボタンといった植物など、いくつかの固有種は絶滅の危機に瀕している。
また陸上では、人間が持ち込み野生化したヤギも生息している。
小笠原諸島は生物地理区の区分上において、日本でただひとつオセアニア区に属している。